Program Mahdhon Tarbawi merupakan program pendidikan yang menyajikan pembelajaran ilmu-ilmu keislaman dengan fokus utama pada Tahfizh Al-Qur’an dan Bahasa Arab. Program ini diselenggarakan sebagai solusi bagi kaum muslimin di sekitar Ma’had Tahfizh Al Yusro khususnya, dan kaum muslimin pada umumnya, dalam membentengi anak-anak dari pengaruh negatif pergaulan bebas dan perkembangan teknologi informasi. Melalui pembelajaran tahsin dan tahfizh Al-Qur’an, pendidikan diniyyah, praktik ibadah, pembiasaan Bahasa Arab, serta bimbingan belajar sekolah, Mahdhon Tarbawi diarahkan untuk mencetak generasi muslim yang rabbani, berilmu, berakhlak mulia, dan berprestasi sesuai dengan visi dan misi program.
Target lulusan Program Mahdhon Tarbawi adalah santri yang memiliki aqidah, ibadah, dan karakter yang sesuai dengan Al-Qur’an dan As-Sunnah. Santri ditargetkan mampu membaca Al-Qur’an dengan baik dan benar serta menguasai ilmu tajwid, mampu berbahasa Arab dasar secara lisan dan tulisan, serta terbiasa dengan akhlak mulia dan adab Islami dalam perkataan maupun perbuatan. Selain itu, santri dibiasakan membaca doa dan dzikir harian, melaksanakan shalat lima waktu di masjid secara tepat waktu, menghafal hadits-hadits pilihan, memiliki kemandirian, kreativitas, dan prestasi, serta lulus pendidikan sekolah formal dengan nilai akhir yang memuaskan.
Target hafalan dalam Program Mahdhon Tarbawi ditetapkan minimal 3 juz Al-Qur’an secara mutqin, yaitu Juz 30, Juz 29, dan Juz 28. Target hafalan ini dicapai melalui program tahsin dan tahfizh Al-Qur’an yang dilaksanakan secara berkesinambungan dalam sistem semester, disertai pembelajaran tajwid dasar dan talaqqi bersama asatidzah. Selain hafalan Al-Qur’an, santri juga ditargetkan menghafal bacaan shalat, adzan, dzikir setelah shalat, dzikir pagi-petang, doa-doa sehari-hari, serta hadits-hadits pilihan sebagai bagian dari pembiasaan ibadah dan pengamalan ajaran Islam dalam kehidupan sehari-hari.
